Cocoon est une immense ville volant dans le ciel. Fondée il y a 13 siècles par les fal'Cie, des êtres plus évoluées que les humains mais très méfiants, cette ville a été conçue comme un havre de paix pour les humains, une sorte de paradis totalement reclus qui ne connaîtrait plus aucun contact avec Pulse, le monde extérieur. Depuis ce dernier, Cocoon prend la forme d'une énorme boule bleue dans le ciel.
Le Cristal de Cocoon, entité dotée d'une conscience, se charge d'offrir une vie agréable à tous les habitants de la ville. Ainsi, c'est lui qui a créé les machines empêchant tout "organisme étranger" de pénétrer à l'intérieur. Néanmoins, dernièrement, des rumeurs font état de la présence de certains de ces organismes dans la ville. Afin de couper court à la panique, le gouvernement sacré de Cocoon s'est lancé dans une chasse aux sorcières afin d'expulser vers Pulse toute personne suspecte.